雙罐式自動反沖洗過濾器多為兩臺過濾器(A和B)并聯切換使用。正常過濾操作時，過濾器A全流量運行，過濾器B備機待用。當系統運行壓差(總進、出口壓力降)達到設定值或系統運行時間達到設定值時，過濾系統自動投用過濾器B，將過濾器A切出過濾操作。此時對過濾器A進行輔助液體反向沖洗，過濾器A反沖洗后備用。

雙罐式自動反沖洗過濾器反沖洗再生操作是利用一定壓力的氮氣產生一股反向液流沖擊，充分去除濾芯表面附著的濾餅并全部排出罐外。并且考慮到蠟油密度大、黏度高，雙罐式自動反沖洗過濾器引入柴油作為浸泡液體，在氮氣反沖洗前，設置了柴油浸泡過程，即在蠟油正常反沖洗后，注入柴油浸泡濾芯一定時間，再引入氮氣將浸泡油排盡。